バイトでやったことのメモ． SGE用ジョブ投入スクリプトのBowtieへの対応 マッピングツールBowtieをクラスタ環境で分散処理できるようにする http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml 自作のSGE用ジョブ投入スクリプトgmapを改変して対応する gmapは…
バイトでやったことのメモメモ． SOAPalsを使いたい An ab initio detector of alternative splicing events with RNA-Seq. http://soap.genomics.org.cn/soapals.html ドキュメントに書いてある情報が足りなくて使い方が分からない 「"<insert length>" is the length of t</insert>…
バイトでやったことのメモ． SOAPalsを使う An ab initio detector of alternative splicing events with RNA-Seq. http://soap.genomics.org.cn/soapals.html reference genomeのindexファイルを作る必要あり indexファイルがSOAPalignerのやつと互換性がな…
Tsukuba.R#7 - Tsukuba.R - Seesaa Wiki（ウィキ）今回も無事開催できました．発表者の皆さん，参加者の皆さん，ust視聴者の皆さん，どうもありがとうございました！ 私は「Parallel Computing in R」というタイトルで，Rの便利な並列計算パッケージ「snow」…
(追記 2010/08/10) どうやら以下の方法でもGIFアニメのアイコンが投稿できなくなったようです．残念…． - いつの間にかTwitterの仕様が変わってアイコンにアニメーションGIFが使えなくなっていた(拡張子をpngに詐称してもダメ)．使おうとすると"There were p…
こんな風にモックを使ってテストすればいいのかな．変な点があったら指摘して下さると嬉しいです． 目標 Twitterとは通信せずにTwitterクラスを使うコードのテストを行う(Twitterクラス関連のコードは適当にパスさせる) sample_tweet.rb SampleTweetのコンス…
Google Profileを編集した時に，First nameの欄もしくはLast nameの欄を空欄もしくはスペースだけにするとプロフィール保存時に「First and last names are required」と表示されて怒られる．この仕様のおかげで「ユーザ名はmickey24なので性や名の区別はな…
システム環境設定→共有→リモートログインのチェックをオンにして/usr/sbin/sshdを動かしている時のログインポートの変更方法．/etc/servicesの以下の行を， ssh 22/udp # SSH Remote Login Protocol ssh 22/tcp # SSH Remote Login Protocol以下のように好き…
どの型をtypedefしてどれをBoost.Foreachに渡せばいいのかよく分からなかったのでメモ． #include <iostream> #include <boost/foreach.hpp> #include <boost/bimap/bimap.hpp> #include <boost/bimap/multiset_of.hpp> using namespace std; struct name {}; struct place {}; int main(int argc, char const* argv[]) { using namespace boost</boost/bimap/multiset_of.hpp></boost/bimap/bimap.hpp></boost/foreach.hpp></iostream>…
ヘッダー boost/assign.hpp できること コンテナの初期化・要素追加が手軽にできる． 使用例 前準備 #include <boost/assign.hpp> using namespace boost::assign; vector 簡単． // 初期化 vector<int> v = list_of(1)(2)(3); // 末尾への要素の追加(push_back) v += 4, 5, 6; // v</int></boost/assign.hpp>…
ヘッダー boost/foreach.hpp できること C++で他の言語にあるようなforeachっぽいことができるようになる． 使用例 BOOST_FOREACHを使ってコンテナの各要素にアクセスする場合の例． std::vector<int> v; v.push_back(1); v.push_back(2); v.push_back(3); BOOST_</int>…
C++でclassを継承して仮想関数をオーバーライドする際に，その仮想関数のデフォルト引数を変更してはならない，という話です．この話はExceptional C++の項目21に載っています． 問題 以下のコードの実行結果を予想してみてください． #include <iostream> using names</iostream>…
ここをちょっと眺めてみて最低限把握しておこうと思ったものを列挙．既に把握しているものも含む． 文字列 format lexical_cast regex, xpressive spirit string_algo tokenizer スマートポインタ shared_ptr weak_ptr 入出力 filesystem スレッド thread 数…
今年もよろしくお願いします． 去年よりもoutputを増やして行きたいです．
追記：2017-07-09現在この機能は利用できません。最新の情報は雨予報bot「mickey24_bot」の使い方 ver 3.0 - ぬいぐるみライフ？をご覧ください。どういうわけかmickey24_botでGoogle Book Searchができるようになりました． mickey24_bot (@mickey24_bot) |…
撮ってみた．かわいい．うさみみがもふもふしていてさわり心地がいい． 部屋の中をもっとうさぎのぬいぐるみだらけにしたい．
Tsukuba.R#6で発表してきました． http://wiki.livedoor.jp/syou6162/d/Tsukuba%2eR%236 私の発表スライドは以下の通りです．内容はC言語を使ってRを拡張する話です．Extend R with C!!!View more presentations from mickey24. デモのプログラム デモで使っ…
Cで作ってみました．ソースはgithubにあります．エラー処理とか結構適当なのでうまく動かない場合があるかも． http://github.com/mickey24/laugh 実行するにはあらかじめOpenCVをインストールしておく必要があります． $ git clone git://github.com/mickey…
私が対処したトラブルを軽くまとめてみる． emobileが繋がらない Leopardの時の設定のままemobileを使おうとしたけどダメだった．ネットワーク環境設定から新たにemobileの接続設定を作り直したところ繋がるようになった． MacPortsが動かない 再インストー…
Mac OS X Snow Leopardが発売されたので早速Leopardからアップグレードしたら，案の定インストールしてあったSIMBLが動かなくなった．単にSIMBLを動かしたいだけなら， SIMBLを動作させたいアプリケーションをFinderで右クリック メニューから「情報を見る」…
追記：2017-07-09現在この機能は利用できません。最新の情報は雨予報bot「mickey24_bot」の使い方 ver 3.0 - ぬいぐるみライフ？をご覧ください。どういうわけかmickey24_botで飲食店検索ができるようになりました． どんな機能なの 特定の場所付近で指定し…
こんなBrainf*ckのコードを， +++++++++[>++++++++>+++++++++++>+++++<<<-]>.>++.+++++++..+++.>-.------------.<++++++++.--------.+++.------.--------.>+.こんな殴り合い(ボクシング)に変換する． (o'-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-')9)ﾟ-'…
なぜ？というか他にもspamでないにもかかわらずsuspendされたアカウントが急に増えてきている．ポスト数が多い人がsuspendされる傾向にある感じ？多分この現象もTwitterのコンテンツのひとつであるシステム障害/バグなんじゃないかと思っている．ちなみにsus…
C++ STLのsetやmapの場合は要素を小さい順にソートするけど，priority_queueは要素を大きい順に並べる．priority_queueの定義はこんな感じ． template <class T, class Container = vector<T>, class Compare = less<typename Container::value_type> > class priority_queue; ここで紛らわしいのは，Compareにはデフォルトでlessが</typename></class>…
ちっこいホワイトさんのぬいぐるみを獲ってきた．かわいいいいいいいい！ きゅぴきゅぴ！！
追記：2017-07-09現在この機能は利用できません。最新の情報は雨予報bot「mickey24_bot」の使い方 ver 3.0 - ぬいぐるみライフ？をご覧ください。mickey24_botがデレモードを実装しました． デレモードってなんなの mickey24_botの返信がデレデレになるモー…
来るらしいよ…！ ちなみに上の画像は私(ぉ
今回はMac OS X特有の話． 問題が発生した環境 OSはMac OS X Leopard 10.5.7，Axis2のバージョンは1.3．Javaのバージョンは以下の通り． $ java -showversion >/dev/null java version "1.5.0_19" Java(TM) 2 Runtime Environment, Standard Edition (build …
Tsukuba.R#5で最後にちらっと発表したおまけ．RのanimationパッケージによるBrainf*ckのシミュレーション動画．動画をダブルクリックしてはてなフォトライフにアクセスするとより大きいアニメーションが観られる．この調子でこれからも役に立たないものを積…
Rでクラスカル法を実装してみた．ついでに最小全域木を求める過程をアニメーションで表示させてみた．クラスカル法についてはこちら． 最小全域木問題(クラスカル法とプリム法)閉路を作らないように気を付けつつ重みが小さい辺から選んでいく様子が分かる．…
